Historia Kruklanek sięga XVI wieku, kiedy to Jan Bębelnik osiedlił tutaj rodziny polskie i litewskie. Wieś była zasobna i dobrze prosperowała, bo już w 1574 r. mieszkańcy wybudowali kościół, który mimo licznych pożarów przetrwał do dziś w niemal niezmienionej formie, pozostając cennym zabytkiem architektury wschodniopruskiej z XVI wieku. Przez wieki stanowił ostoję polskości, albowiem jeszcze w 1912 roku wymagano znajomości języka polskiego od miejscowego proboszcza. Prawie w tym samym czasie co kościół powstała szkoła. W czasie I wojny światowej Kruklanki zostały w znacznym stopniu zniszczone.

W okresie II wojny światowej powstał w okolicy Kruklanek system umocnień zbudowany z bunkrów żelbetowych i rowów, wchodzący w skład Giżyckiego Rejonu Umocnień.

Przełom XIX i XX wieku w Prusach Wschodnich to okres intensywnego rozwoju dróg, połączeń kolejowych oraz wodnych. Kruklanki znalazły się na trasie linii kolejowych łączących Giżycko z Węgorzewem (ukończenie budowy - przełom 1905 i 1906 roku) oraz Kruklanki z Oleckiem (ukończenie budowy w 1908 roku). Ta olbrzymia inwestycja kolejowa pociągnęła za sobą powstanie całej infrastruktury: nasypów, wąwozów, dróg dojazdowych, wiaduktów, mostów, budynków dworcowych i mieszkalnych, przystanków kolejowych, ramp załadunkowych, nastawni itp.