Rezerwat położony jest w centralnej części Puszczy Boreckiej, przy drodze prowadzącej z Kruklanek do Czerwonego Dworu. Dojazd do rezerwatu jest dogodny i nie przedstawia problemów. Puszcza ta stanowi pozostałość rozległej Puszczy Galindzkiej, która w minionych wiekach pokrywała południowo-wschodnie obszary Pojezierza Mazurskiego aż po ziemie Jadźwingów na wschodzie.

Za czasów krzyżackich ziemie te stanowiły obszary kresowe o ważnej roli strategicznej. Krzyżacy już w XIV wieku założyli szereg zamków obronnych, pod osłoną których powstawać zaczęły większe osady ludzkie. Od XVI wieku datuje się intensywna kolonizacja Mazur Garbatych, w tym również obszarów przyległych do dzisiejszej Puszczy Boreckiej.

Wokół Puszczy powstały wówczas liczne wsie:

• Banie Mazurskie - 1566 r.,
• Grabowo - 1515 r.,
• Mazury - 1566 r.,
• Rogonie - 1569 r.,
• Kruklanki - 1535 r.

i wiele innych.

Już na początku XVII wieku istniały wyraźnie zaznaczone zarysy obecnej Puszczy Boreckiej. Przetrwały one w mało zmienionej postaci, aż po czasy dzisiejsze.

W kolonizacji terenów przyległych do puszczy decydującą rolę odegrali osadnicy z Polski. Przypuszcza się, że nazwa Puszcza Borecka wywodzi się od nazwiska braci Borkowskich, kolonistów z Mazowsza, założycieli pobliskiej wsi Borki.

Rezerwat spełnia doniosłą rolę w zachowaniu i ochronie naturalnych zbiorowisk leśnych zarówno w Puszczy Boreckiej jak i regionie całej Polski Północnowschodniej. W istotny sposób uzupełnia sieć leśnych rezerwatów przyrody zarówno Dzielnicy Pojezierza Mazurskiego jak i Krainy Mazursko-Podlaskiej. Rezerwat jest obiektem unikalnym zarówno w skali regionu jak i Polski.

Wynika to zarówno z historii lasów rezerwatowych, powstałych prawie w całości w sposób naturalny jak i obfitego nagromadzenia gatunków rzadkich i reliktowych oraz typowych dla wschodnich obszarów Pojezierza Mazurskiego zespołów roślinnych. Wartość rezerwatu podnoszą walory krajobrazowe, w tym wzniesienia morenowe, jary, rynny, i zagłębia wytopiskowe.

Teren rezerwatu charakteryzuje się tym iż jest wybitnie pagórkowaty, pełen bezodpływowych , silnie zabagnionych obniżeń, dolin i rynien polodowcowych. Ten obraz uzupełniają liczne strumyki i niewielkie jeziora. Charakter sieci wodnej jest uwarunkowany przede wszystkim konfiguracją terenu i materiałem geologicznym podłoża. Wody opadowe spływające po pochyłościach zbierają się w obniżeniach terenowych, tworząc zalane doliny, zajęte przez olsy i bory torfowe.

Urozmaicona rzeźba terenu, różnorodność i wysoki stopień naturalności drzewostanów i siedlisk powodują, że zarówno Puszcza Borecka jak i rezerwat Borki jest siedliskiem wielu gatunków zwierząt.

Występują tu liczne gatunki, takie jak:

• żubr - osiedlony w Puszczy Boreckiej w 1956 r., początkowo był hodowany w ośrodku zamkniętym, od 1962 roku wypuszczony został na wolność. Dziś penetruje cały obszar Puszczy Boreckiej, często jest też widywany w rezerwacie Borki. Puszcza Borecka jest drugim po Puszczy Białowieskiej miejscem w Polsce, gdzie żubr występuje na wolności.
• jeleń - to łowny gatunek, występuje pospolicie na terenie Puszczy i rezerwatu,
• łoś - jest łownym gatunkiem, zasiedlił te tereny w sposób naturalny w wyniku migracji z terenów dawnej Rosji, sarna, dzik, zając, piżmak,
• ryś - jest objęty gatunkową ochroną, spotykany sporadycznie
• wilk - objęty ochroną gatunkową,
• lis, jenot, borsuk, kuna leśna, tchórz.

Południowym skrajem rezerwatu biegnie żwirowa droga publiczna z Kruklanek do Czerwonego Dworu z rozgałęzieniem do wsi Jeziorowskie. W samym rezerwacie ogranicza się ona do sieci , zarastających stopniowo, gruntowych dróg leśnych, w okresach roztopów trudno przejezdnych. Wysokie walory rezerwatu skłaniają do wytyczenia ścieżki przyrodniczej dla celów turystyki kwalifikowanej.